Jonathan blev gift med Mary Bloomfield i 1661 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA. Mary (datter af Thomas Bloomfield, Col og Mary Withers) blev født den 15 jan. 1642 i Newbury, Essex, Massachusetts, USA; døde i 1705 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Jonathan Dunham blev født den 24 sep. 1672 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA; døde den 6 sep. 1706 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA.
2. Benjamin Dunham blev født den 22 aug. 1681 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA; døde den 31 dec. 1715 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA; blev begravet i 1715 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA.
3. Ruth Dunham blev født i 1666 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA; døde i 1702.
4. Mary Dunham blev født den 29 dec. 1661 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA; døde i 1664 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA.
5. Esther Dunham blev født i 1657 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA; døde den 14 aug. 1690 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA.
6. David Dunham blev født den 10 mar. 1673 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA; døde i 1753 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA.
7. John Dunham blev født den 7 maj 1675 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA; og døde.
8. Eunice Dunham blev født i 1668 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA; døde den 5 dec. 1684 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA.
9. Benjamin Dunham blev født den 17 jan. 1640 i Salisbury, Essex, Massachusetts, USA; døde den 31 dec. 1715.
10. Nathaniel Dunham blev født den 10 apr. 1679 i Woodbridge, Middlesex, New Jersey, USA; døde i 1727 i Westfield, Union, New Jersey, USA.