John blev gift med Elizabeth Clarke den 28 maj 1661 i Boston, Suffolk, Massachusetts, USA. Elizabeth (datter af Major Thomas Clark, datter af Elizabeth Dodge) blev født den 22 maj 1642 i Dorchester, Suffolk, Massachusetts, USA; døde den 3 feb. 1712 i Boston, Suffolk, Massachusetts, USA; blev begravet i England. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. John Freake blev født den 27 feb. 1675 i Ringwood, Hampshire, England; blev døbt den 27 feb. 1675 i Ringwood, Hampshire, England; og døde.
2. Thomas Freake blev født den 29 nov. 1672 i Boston, Suffolk, Massachusetts, USA; og døde.
3. Elizabeth Freake blev født den 13 jun. 1663 i Boston, Suffolk, Massachusetts, USA; og døde.
4. John Frakes, Jr. blev født den 8 jan. 1668 i Boston, Suffolk, Massachusetts, USA; og døde.
5. Mehetable Freake blev født den 5 okt. 1670 i Boston, Suffolk, Massachusetts, USA; og døde.
6. Mary Frakes blev født den 25 mar. 1662 i Boston, Suffolk, Massachusetts, USA; døde den 25 sep. 1662.
7. Jane Freake blev født den 26 okt. 1669 i Boston, Suffolk, Massachusetts, USA; og døde.
8. Clark Freake blev født den 11 okt. 1666 i Boston, Suffolk, Massachusetts, USA; og døde.