Frederik blev gift med Sophie Frederikke Louise Von Kleist den 18 jun. 1773 i Gisselfeld, Braaby, Soro, Denmark. Sophie (datter af Christian Adrian Von Kleist og Sophie Von Rosenkrantz) blev født den 27 mar. 1747 i Rendsburg, Rendsburg-Eckernforde, Schleswig-Holstein, Germany; blev døbt i Bredstedt, Nordfriesland, Schleswig-Holstein, Germany; døde den 29 maj 1814 i Gisselfeld, Braaby, Soro, Denmark; blev begravet den 7 jun. 1814 i Sophieshave, Gisselfeld, Bråby, Sorø, Denmark. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Marie Eleonore Ingeborg Danneskjold-Samsøe blev født i 1778 i Denmark; døde i 1846.
2. Greve Christian Conrad Sofus Danneskiold-Samsøe blev født den 11 jun. 1774 i København, Denmark; blev døbt den 15 jun. 1774 i København, Denmark; døde den 6 jun. 1823 i Gisselfeld, Braaby, Soro, Denmark; blev begravet den 14 jun. 1823 i Sophieshave, Braaby, Soro, Denmark.

Frederik blev gift med Nicoline Christiansdatter Rosenkrantz den 29 jul. 1749 i Rynkeby, Bjerge, Odense, Denmark. Nicoline (datter af Christian Rosenkrantz og Frederikke Louise Nielsdatter Krag) blev født den 6 jan. 1721 i Skovsbo Gods, Rynkeby (Bjerge H, , Odense); blev døbt den 28 jan. 1721 i Rynkeby, Bjerge, Odense, Denmark; døde den 7 feb. 1771 i København, Sokkelund, København, Denmark; blev begravet den 26 feb. 1771 i Vor Frue, Sokkelund, København, Denmark. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Greve Child Danneskiold-Samsøe
2. Greve Child Danneskiold-Samsøe