Peder blev gift med Cathrine Sophie Aggerholm den 3 maj 1853 i Søndberg, Refs, Thisted, Denmark. Cathrine (datter af Peder Aggerholm og Else Ludvigsdatter Preetzmann) blev født den 24 nov. 1832 i Søndberg, Refs, Thisted, Denmark; døde den 10 nov. 1906 i Visby, Hassing, Thisted, Denmark. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Harald Valdemar Vilhelm Klitgaard blev født den 30 aug. 1866.
2. Magdalene Kirstine Klitgaard blev født den 23 feb. 1869.
3. Frederik Carl Christian Klitgaard blev født den 16 maj 1870.
4. Peder Christian Legind Klitgaard blev født den 30 maj 1871.
5. Nicoline Nielsine Klitgaard blev født den 6 okt. 1872.
6. Peder Sofus Aggerholm Klitgaard blev født den 25 nov. 1873.
7. Anders Aggerholm Klitgaard blev født den 1 aug. 1877 i Visby, Hassing, Thisted, Denmark; blev døbt den 2 sep. 1877 i Visby, Hassing, Thisted, Denmark.
8. Ludvig Christian Müller Klitgaard blev født den 7 sep. 1861.
9. Carl Emil Erhardt Klitgaard blev født den 8 jan. 1864.
10. Niels Anton Christian Klitgaard blev født den 3 sep. 1856 i Grindsted, Slavs, Ribe, Denmark.
11. Petrea Elise Preetzmann Klitgaard blev født den 6 nov. 1853 i Dover, Hjermslev, Skanderborg, Denmark.
12. Juliane Marie Sophie Klitgaard blev født den 25 dec. 1857 i Grindsted, Slavs, Ribe, Denmark; døde den 21 maj 1913 i Cook, Illinois, USA; blev begravet den 25 maj 1913 i USA.