Wilhelmus blev gift med Aeltje Albertse Van Voorhees den 9 nov. 1728 i Flatlands, Kings, New York, United States. Aeltje (datter af Albert Coerten Van Voorhees og Sarah Willemse Cornell) blev født den 3 maj 1709 i Flatlands, Kings County, New York, USA; døde den 4 jun. 1788 i New York, United States. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Johanna Annie Stoothoff blev født den 12 nov. 1742 i Brooklyn, Kings, New York, USA; døde den 12 dec. 1809 i Ten Mile Run, Middlesex, New Jersey, USA; blev begravet i Rocky Hill, Somerset, New Jersey, USA.
2. Petrus Wilhelmus Stoothoff blev født den 19 nov. 1752 i New York; døde den 30 jul. 1812.
3. Johannes Stoothoff blev født den 3 maj 1741 i Flatlands, Kings, New York, United States; døde den 20 jun. 1806 i Flatlands, Kings, New York, United States.
4. Abraham Wilhelmussen Stoothoff blev født den 19 apr. 1750 i New York; døde den 13 aug. 1786.
5. Wilhelmus Stoothoff blev født den 5 feb. 1733 i New York, USA; døde i 1733.
6. Petrus Wilhelmussen Stoothoff blev født den 7 jul. 1745 i New York, USA; døde den 22 aug. 1750.
7. Albert Wilhelmussen Stoothoff blev født den 31 okt. 1730 i Flatlands, Kings, New York, United States; døde den 29 dec. 1785 i Flatlands, Kings, New York, United States.
8. Wilhelmus Wilhelmussen Stoothoff blev født den 3 maj 1741 i Flatlands, Kings, New York, United States; døde den 21 sep. 1803 i New York, USA.
9. Gerrit Wilhelmussen Stoothoff blev født den 31 okt. 1730 i Flatlands, Kings, New York, United States; døde den 21 sep. 1780 i New York, USA.