Jonas blev gift med Abigail Morgan den 10 jan. 1813 i Preston City, New London, Connecticut, USA. Abigail (datter af Daniel Morgan og Joanna Brewster) blev født den 22 sep. 1788 i Preston City, New London, Connecticut, USA; døde den 28 sep. 1846 i Preston City, New London, Connecticut, USA; blev begravet i Preston City Cemetery; Preston, NL, C, United States. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Louisa Ayer blev født den 2 mar. 1814 i Preston City, New London, Connecticut, USA; døde den 6 nov. 1834 i Preston City, New London, Connecticut, USA; blev begravet i Crary Cemetery; Groton, New London, Connecticut, United States.
2. Albert Galatin Ayer blev født den 3 okt. 1815 i Preston City, New London, Connecticut, USA; døde den 3 apr. 1895; blev begravet i Preston City Cemetery, Preston City, New London, Connecticut, USA.
3. John Ayer blev født den 1 apr. 1817 i Preston City, New London, Connecticut, USA; døde den 20 jan. 1832 i Preston City, New London, Connecticut, USA; blev begravet i 1832 i Preston City, New London, Connecticut, USA.
4. James M. Ayer blev født den 11 maj 1820 i Preston City, New London, Connecticut, USA; og døde.
5. Abby Ann Ayer blev født den 10 jun. 1822 i Preston City, New London, Connecticut, USA; døde den 18 nov. 1872 i Syracuse, Onondaga, New York, USA; blev begravet i Old First Ward Cemetery, Syracuse, Onondaga Co., New York.
6. Jonas Morgan Ayer blev født den 30 mar. 1824 i Preston City, New London, Connecticut, USA; og døde.