Stephen blev gift med Ruth Eaton den 13 dec. 1716 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA. Ruth (datter af Thomas Eaton og Eunice Singletary) blev født den 23 nov. 1684 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA; døde den 6 apr. 1750 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA; blev begravet i Essex, Massachusetts, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Lydia Johnson blev født i 1729 i Andover, Essex, Massachusetts, USA; og døde.
2. Abigail Johnson blev født den 29 jan. 1721 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA; døde den 21 jul. 1803 i Massachusetts, USA.
3. Richard Johnson blev født i 1732 i Andover, Essex, Massachusetts, USA; og døde.
4. Sarah Johnson blev født i 1730 i Andover, Essex, Massachusetts, USA; og døde.
5. Timothy Johnson blev født den 15 jun. 1727 i Andover, Essex, Massachusetts, USA; døde i 1727 i Andover, Essex, Massachusetts, USA.
6. Ebenezer Johnson blev født den 16 sep. 1717 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA; døde i Merrimack, Hillsborough, New Hampshire, USA.
7. Eunice Johnson blev født den 9 jan. 1723 i Andover, Essex, Massachusetts, USA; og døde.