William blev gift med Lydia Caroline Brewster den 8 jul. 1845 i Nauvoo, Hancock, Illinois, USA. Lydia (datter af William Brewster og Caroline Williams) blev født den 14 jan. 1827 i Rome, Oneida, New York, USA; døde efter 1908 i Galt, Sacramento, California, USA; blev begravet i 1908. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. William Waterman Phelps blev født den 20 apr. 1846 i Nauvoo, Hancock, Illinois, USA; døde den 4 jul. 1934.
2. Francis Henry Phelps blev født den 28 nov. 1847 i Nauvoo, Hancock, Illinois, USA; døde den 4 jul. 1934 i Placerville, El Dorado, California, United States; blev begravet i nov. 1934 i Upper Town Cemetery, Placerville, El Dorado, California, USA.
3. Lydia Caroline Phelps blev født den 24 jun. 1850 i Fort Madison, Lee, Iowa, USA; døde den 12 aug. 1851.
4. Theodore Charles Phelps blev født den 22 jan. 1852 i Fort Madison, Lee, Iowa, USA; døde den 24 jan. 1852.
5. Clarence Edmund Phelps blev født den 7 maj 1854 i Placerville, El Dorado, California, United States; og døde.
6. Frederick Tracy Phelps blev født den 1 maj 1857 i Placerville, El Dorado, California, United States; og døde.
7. Geraldine Elizabeth Phelps blev født i apr. 1860 i Nauvoo, Hancock, Illinois, USA; døde den 22 mar. 1863 i Placerville, El Dorado, California, United States; blev begravet i 1863 i Placerville, El Dorado, California, United States.