Stephen blev gift med Catherine Brewster den 22 apr. 1852 i Waltham, La Salle, Illinois, USA. Catherine (datter af George Nathaniel Brewster og Polly Mary Baker) blev født den 5 feb. 1820 i Pawlet, Rutland, Vermont, USA; døde den 22 jun. 1873 i Waltham, La Salle, Illinois, USA; blev begravet i Waltham Cemetery, Waltham, La Salle, Illinois, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. William Brewster Jones blev født den 10 apr. 1853 i Waltham, La Salle, Illinois, USA; døde den 29 feb. 1916 i Utica, La Salle, Illinois, USA; blev begravet den 2 mar. 1916 i Utica, La Salle, Illinois, USA.
2. Frances Charlotte Jones blev født den 2 nov. 1856 i Waltham, La Salle, Illinois, USA; døde den 16 sep. 1941 i Ottawa, LaSalle, Illinois, United States; blev begravet den 18 sep. 1941 i Waltham, La Salle, Illinois, USA.
3. Charles Stephen Jones blev født den 8 maj 1859 i Waltham, La Salle, Illinois, USA; døde den 8 feb. 1943 i Waltham, La Salle, Illinois, USA; blev begravet den 11 feb. 1943 i Waltham, La Salle, Illinois, USA.