Henrik blev gift med Lisbet Podebusk den 2 aug. 1618 i København, Denmark. Lisbet (datter af Claus Podebusk og Sophia Nielsdatter Ulfstand) blev født i 1597 i Of, Krapperupbrunnby, Malmohus, Sweden; døde den 24 dec. 1680 i Skovsbo, Fuglsbolle, Svendborg, Denmark. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Axel Gyldenstierne blev født i 1629 i Svaneholm, Skurup, Malmohus, Sweden; døde den 30 jun. 1652; blev begravet den 29 jul. 1652 i St Knud, Odense, Odense, Denmark.
2. Anna Gyldenstierne blev født i 1627 i Svaneholm, Skurup, Malmohus, Sweden; og døde.
3. Clara Gyldenstierne blev født den 16 maj 1630 i St. Knud, Odense, Odense, Denmark; døde den 1 apr. 1677 i Odense, Odense, Denmark; blev begravet i Orbaek Church, Orbaek, Svendborg, Denmark.
4. Margarethe Gyldenstierne blev født i 1625 i Svaneholm, Skurup, Malmohus, Sweden; og døde.
5. Mette Henriksdatter Gyldenstierne blev født den 3 jun. 1636 i Råbelöf, Kristianstad, Sverige; døde den 12 jan. 1713 i Torpegaard; blev begravet den 20 mar. 1713 i Rynkeby, Bjerge, Odense, Denmark.
6. Erik Hardenberg Gyldenstierne blev født den 12 nov. 1622 i Swanholm, Holbaek, Den.; døde den 11 dec. 1665; blev begravet i jan. 1666 i Ystad, Skåne, Sweden.
7. Sophie Gyldenstierne blev født i 1632 i Svaneholm, Skurup, Malmohus, Sweden; døde i 1668.
8. Jytte Gyldenstierne blev født i 1621 i Ulfborg, Ulfborg, Ringkjøbing, Denmark; døde i 1679.
9. Preben Gyldenstierne blev født i 1619 i Ulfborg, Ulfborg, Ringkjøbing, Denmark; døde i 1640 i France.