John blev gift med Mary Howland i 1673 i Barnstable, Barnstable, Massachusetts, USA. Mary (datter af Joseph Howland og Mary Lee) blev født i 1652 i Marlow, Cheshire, New Hampshire, USA; døde den 3 aug. 1711 i Killingly, Windham, Connecticut, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Mercy Allyn blev født i feb. 1681 i Middleborough, Plymouth, Massachusetts, USA; døde den 6 apr. 1683 i Middleborough, Plymouth, Massachusetts, USA.
2. Thomas Allyn blev født den 6 feb. 1685 i Plymouth, Plymouth, Massachusetts, USA; døde den 15 okt. 1716.
3. Isaac Allyn blev født den 8 nov. 1679 i Barnstable, Barnstable, Massachusetts, USA; døde den 8 nov. 1761 i Pomfret, Windham, Connecticut, USA.
4. Mary Allyn blev født den 5 aug. 1675 i Barnstable, Barnstable, Massachusetts, USA; døde den 7 jul. 1677 i Barnstable, Barnstable, Massachusetts, USA.
5. Jabez Allyn blev født den 21 feb. 1689 i Plymouth, Plymouth, Massachusetts, USA; døde den 10 nov. 1727 i Killingly, Windham, Connecticut, USA.
6. Matthew Allyn blev født den 6 aug. 1677 i Barnstable, Barnstable, Massachusetts, USA; døde i okt. 1680 i Barnstable, Barnstable, Massachusetts, USA.
7. John Allen, Jr blev født den 30 sep. 1670 i Windsor, Hartford, Connecticut, USA; døde den 3 nov. 1739 i Enfield, Hartford, Connecticut, USA; blev begravet i nov. 1739 i Enfield, Hartford, Connecticut, USA.
8. Hannah Allyn blev født den 27 dec. 1683 i Middleborough, Plymouth, Massachusetts, USA; døde den 10 mar. 1753 i Pomfret, Windham, Connecticut, USA.
9. Elizabeth Allyn blev født i Barnstable, Barnstable, Massachusetts, USA; døde den 30 jan. 1693 i Marshfield, Plymouth, Massachusetts, USA.