Jonathan blev gift med Rebecca Bulkeley den 18 dec. 1689 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA. Rebecca blev født den 24 aug. 1681 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA; døde i 1747 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. John Prescott blev født i 1705 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 28 jan. 1706 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA.
2. Peter Prescott blev født den 17 apr. 1709 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA; døde i 1784 i Annapolis, Nova Scotia, Canada.
3. Rebecca Prescott blev født den 14 aug. 1704 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA; døde i 1798.
4. Jonathan Prescott blev født den 3 jun. 1702 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 30 dec. 1743 i Littleton, Middlesex, Massachusetts, USA.
5. Elizabeth Prescott blev født den 2 dec. 1713 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 7 aug. 1803 i Sutton, Worcester, Massachusetts, USA.
6. Joseph Prescott blev født i 1710.
7. Dorothy Prescott blev født den 13 maj 1716 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 5 jan. 1724 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA.
8. Charles Prescott, Colonel blev født den 15 aug. 1711 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 2 feb. 1779 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA.
9. Abel Prescott, Doctor blev født den 7 apr. 1718 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 22 okt. 1805 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA.
10. Benjamin Prescott blev født i apr. 1724 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA; døde i Franklin, Norfolk, Massachusetts, USA.