John blev gift med Hannah Brewster den 12 jun. 1663 i Duxbury, Plymouth, Massachusetts, USA. Hannah (datter af Jonathan Williamson Brewster og Lucretia Oldham) blev født den 3 nov. 1641 i Duxbury, Plymouth, Massachusetts, USA; døde den 22 apr. 1684 i New London, New London, Connecticut, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Samuel Thompson blev født den 4 mar. 1668 i Stamford, Fairfield, Connecticut, USA; døde den 14 jul. 1749 i Goshen, Litchfield, Connecticut, USA.
2. William Thompson blev født den 9 apr. 1664 i Stonington, New London, Connecticut, USA; døde den 13 jun. 1705 i Stonington, New London, Connecticut, USA.
3. Isaac Thompson, Capt blev født i 1671 i Stonington, New London, Connecticut, USA; døde den 22 aug. 1738 i Westerly, Washington, Rhode Island, USA.